18 марта 1988 года полковник Лебедь был назначен командиром 106-й Тульской гвардейской воздушно-десантной дивизии (дальше – вдд). На момент его назначения один из полков дивизии – 137-й – отвечал за поддержание порядка в Сумгаите (Азербайджан), где в последних числах февраля 1988 года азербайджанцы учинили погромы против армянского населения. 21 ноября 1988 года все части 106-й вдд получили приказ переброситься на самолётах в Баку, где уже несколько суток шёл непрерывный массовый митинг у Дома правительства республики.
Как пишет Лебедь в своих мемуарах «За державу обидно!», он не получил никакого конкретного приказа. Но в то время, когда он, будучи в Баку, связался по телефону с командованием, кто-то, кого Лебедь не называет по имени, истерическим тоном потребовал от него: «Атаковать и пробиваться на площадь!
Демонстрация проходила под лозунгом изгнания азербайджанцев из Армении. В связи с угрозой новых армянских погромов в Баку полковник Лебедь отдал приказ своим подчинённым организовать охрану армянских кварталов города, доставку в них продуктов и медикаментов для жителей. Служащие 106-й вдд обеспечивали соблюдение комендантского часа и предотвратили несколько погромов. В ночь с 3 на 4 декабря части внутренних войск (ВВ) произвели зачистку площади перед Домом правительства. Перед этим они в течение суток призывали митингующих покинуть площадь, выпуская всех желающих, но не позволяя новым митингующим занимать их место. Всего осталось около 800 человек, которых ночью арестовали. Однако уже утром 4 декабря Баку оказался наводнён листовками, в которых говорилось, будто ночью на площади были убиты сотни человек.
И вновь собрались сотни тысяч людей. По словам Лебедя, он лично выступил перед толпой и убедил её в том, что никакого кровопролития не было. До применения оружия дело не дошло, но без драки, причём с участием самого полковника, не обошлось. Страсти временно улеглись.
Трагедия в Тбилиси
В апреле 1989 года произошли трагические события в Тбилиси. И тогда, и сейчас мало кто акцентирует внимание на том, что лозунги участников бессрочного митинга у Дома правительства Грузинской ССР имели мало общего с демократическими. Непосредственным поводом для митинга стало решение сельского схода в Лыхны (Абхазская АССР) добиваться отделения Абхазии от Грузии. Тбилисцы требовали, прежде всего, ликвидировать абхазскую автономию. Потом уже из-за нежелания партийно-советского руководства республики вступать в диалог с народом появились требования отставки первого секретаря ЦК Компартии Грузии Дж.И. Патиашвили.
В отсутствие М.С. Горбачёва, находившегося в зарубежном турне, Политбюро ЦК КПСС под председательством Е.К. Лигачёва приказало командующему Закавказского военного округа генерал-полковнику И.Н. Родионову направить в Тбилиси дополнительные войска. И в ночь на 7 апреля в Тбилиси в дополнение к 8-му мотострелковому полку были переброшены 345-й полк ВДВ из Гянджи и 4-й полк дивизии ВВ имени Ф. Дзержинского. Их силами по приказу Родионова (а фактически Патиашвили) в ночь на 9 апреля была предпринята зачистка площади, обернувшаяся многочисленными человеческими жертвами. 106-я вдд Лебедя прибыла в Тбилиси уже сутки спустя. Под её прикрытием на борту военно-транспортного самолёта в Тбилиси прилетел по специальному поручению Горбачёва М.С. Шеварднадзе, боявшийся показаться там раньше.
Беспорядки в Азербайджане
12 января 1990 года в столице Азербайджана начались беспорядки, сопровождавшиеся человеческими жертвами. Армянского населения в городе уже почти не оставалось, вооружённое восстание было направлено непосредственно против партийного руководства республики. Происходило оно под эгидой Народного фронта Азербайджана (НФА). Только 18 января дивизия Лебедя получила приказ грузиться в самолёты. По высадке на военном аэродроме Кала, взятом в кольцо вооружёнными боевиками НФА, она подверглась обстрелу и была вынуждена пробиваться с боем. Имелись потери и у десантников, и у противостоящих им сил.
Лебедь получил короткий приказ министра обороны СССР генерала армии Д.Т. Язова: «Взять Баку». По свидетельству Лебедя, боевики применили против движущихся войск такой приём: поливали шоссе бензином из автоцистерн, а в момент прохождения армейских автоколонн по шоссе «из соседних виноградников летели факелы». Одновременно в Баку с другой стороны вошли части 76-й Псковской вдд. Лебедь говорит, что его подчинённые открывали огонь только в ответ на огонь. В течение нескольких дней части Тульской вдд ликвидировали очаги, откуда НФА координировал нападения боевиков на советских солдат. Здание Морского вокзала, где располагался главный штаб НФА, разграбили сами «активисты». Правда, после их ухода администрация вокзала предъявила Военной прокуратуре претензии в связи с разграблением вокзала… советскими солдатами.
В конце января дивизия Лебедя ликвидировала в Джалилабаде на юге республики крупные вооружённые подразделения НФА, перед этим силой захватившие город и удерживавшие его несколько суток. Большинство боевиков при этом, по словам Лебедя, были уничтожены. Все они были хорошо вооружены, документов при себе не имели, их личности установить не удалось. Было несколько погибших из состава советских ВДВ.
Эти события сейчас называются в Азербайджане Чёрным (или Кровавым) январём, и каждый год 20 января там отмечается День всенародной скорби в память «об убитых русскими оккупантами мирных жителях». По мнению А.И. Лебедя, ввод войск произошёл слишком поздно: оппозиция успела вооружиться и оказать организованное сопротивление войскам. «Какие усилия на протяжении недели прилагал М.С. Горбачёв для прекращения кровавой междоусобицы, я не знаю», — говорил Лебедь.
17 февраля 1990 года А.И. Лебедю было присвоено воинское звание генерал-майора ВДВ.
